Instituto Científico y Literario, la antesala de la autonomía
Cuatro años después de la instalación del Seminario Conciliar, el Estado recuperó nuevamente el inmueble que hoy se conoce como el Edificio Central de la universidad y en 1859 se sentaron las bases para un nuevo proyecto de educación superior. Sin embargo, por la guerra de Reforma, fue hasta 1861 cuando la nueva institución bautizada como Instituto Científico y Literario comenzó sus actividades de manera más formal, con Mariano Saldaña como primer director.
El instituto enfrentó diversas dificultades económicas, políticas y sociales. Por ejemplo: durante la guerra con Francia, el ejército imperialista utilizó el edificio como cuartel y obligó a suspender tres años las clases, mismas que se reanudaron en 1987.
Años más tarde (1873-1874), la fachada del Instituto Científico y Literario se remodeló y adquirió el aspecto que hasta hoy se puede apreciar en el Edificio Central de la Universidad Autónoma de San Luis Potosí. Además se construyeron los actuales corredores del primer piso.
Entre los estudios de mayor relevancia en el Instituto Científico y Literario se incluyeron los de medicina, para cuyas prácticas los alumnos debían acudir al Hospital Civil, que se encontraba a un costado del templo de San José.
La primera generación de aspirantes a médicos ingresó en 1877 y en un principio se inscribieron solo cuatro alumnos, mientras que la primera mujer que se graduó de esa profesión fue María Castro de Amerena, en 1906.
Otra área de notoria importancia fue la escuela de jurisprudencia, cuyos estudiantes jugaron un papel relevante durante el periodo revolucionario, un ejemplo de ello es Pedro Antonio Santos, quien colaboró como abogado oficial en la defensa de Gustavo I. Madero.
Asimismo, se le dio un gran impulso a la difusión de la cultura y el arte, e incluso hubo participación en la organización de los juegos florales, que consistían en eventos patrióticos que alcanzaron notoriedad nacional mediante convocatorias como el Concurso Científico-Literario.
En dichos eventos se tuvo la participación de grandes personalidades como el poeta Manuel José Othón, quien en una ocasión formó parte de una velada artístico-musical.
Mención aparte merece el escritor potosino Ramón López Velarde, quien en 1908 comenzó sus estudios de jurisprudencia en el Instituto Científico y Literario, y aunque sí ejerció su profesión, fueron las letras su verdadera pasión y las que lo encumbraron como un prestigiado poeta nacional, al grado de que sus restos descansan en la Rotonda de los Hombres Ilustres, en la Ciudad de México.
A lo largo de sus más de 60 años de existencia, el Instituto Científico y Literario de San Luis Potosí debió enfrentarse a situaciones como el deficiente nivel académico con que llegaban algunos aspirantes, las carencias económicas y la pérdida (por préstamos o sustracción) de equipo y materiales para enseñanza.
Pese a ello, el instituto alcanzó estabilidad académica y obtuvo incluso reconocimiento nacional, pero entre 1921 y 1922, bajo la dirección de Juan H. Sánchez y durante el gobierno de Rafael Nieto Compeán, la institución se preparaba para una histórica reconversión.
